Spēlē Hexa Sort 3D jūs šķirosit sešstūrainas daudzkrāsainas mikroshēmas. Tie atradīsies kaudzēs, kas atrodas uz paneļa spēles laukuma apakšā. Varat izmantot peli, lai vilktu šīs kaudzes uz spēles laukumu un ievietotu tās izvēlētajās šūnās. Pēc tam jūs šķirosit kaudzes un pārvietosiet mikroshēmas, lai savāktu tās pēc krāsas. To darot, jūs saņemsiet punktus spēlē Hexa Sort 3D un pāriesiet uz nākamo spēles līmeni.